伊東駅は伊東線の終点で、伊東から先の伊豆急下田までは私鉄の伊豆急行線となります。
駅舎は近年リニューアルされ、土産物屋や弁当屋、喫茶店、観光案内所と東海バス案内所が全て一体的に整備され東伊豆の観光拠点といった趣になりました。

ホームは2面3線で、駅舎に直結した1番線と、1番線ホーム上から地下道を通って行く島式ホームの2・3番線という配置です。
日中帯は伊東線と伊豆急行線は相互直通運転を行っており、会社境界駅の雰囲気は薄く、実質的に中間駅の様相です。
主に1番線が伊東線から伊豆急行線、伊豆急下田方面に直通する下り列車の発着番線、3番線が伊豆急行線から伊東線に直通する熱海・東京方面、上り列車の発着番線になっています。

2番線は日中帯の使用頻度は低く、団体列車や試運転列車等の折り返しに使用される事が多いです。
土休日の10時過ぎには伊東始発の特急踊り子2号が2番線から発車します。

朝夕は伊東駅を境に分離運転を行っており、2番線に伊東線の折り返し列車、3番線に伊豆急行線の折り返し列車が発着し、2・3番線同一ホームで相互にお乗り換えが出来ます。

なお伊東線は2番線に伊東滞泊のE231・E233系が6時台まで留置される都合により、早朝の1622M～1626Mまでは1番線折り返しとなります。また伊東線下り最終1本前の1675Mも伊東1番線到着となります。この場合、伊豆急行線が発着する3番線とは違うホーム同士のお乗り換えとなります。

伊東駅構内の各番線は上下本線や中線といった名称を用いずシンプルに番号で呼称され、ホームのある1～3番線と、3番線に隣接するホームの無い4番線が本線になります。
1番線は伊東線からの列車のみ入線可能で、2～4番線は伊東線、伊豆急行線どちらからも列車の入線が可能です。
山側には側線の5・6番線があり、入換運転により車両を入線させ留置します。
4～6番線を使用する定期運用は無く比較的安全な構内であり、日中ここに車両を留置して乗務員訓練に使用されている光景が度々見られます。

なお4番線は本線なので直接列車が進入出来ますが、伊東まで客扱いを行い4番線に留置する場合はホームのある2・3番線から入換運転で4番線に入ります。

以下は2番線から4番線への入換運転の例です。

2番線に到着した伊東止まりの団体臨時列車は旅客を下ろし、車内点検後にドアを閉め、下田方の入換信号機の開通を待ちます。

2番線から引上線までの進路が取れて下田方の入換信号機が開通すると、伊豆急行線本線の山側に並んでいる引上線へと車両は入換運転を開始します。

引上線に停車すると運転士がエンド交換を行います。
なお、この間は引上線にある谷津踏切を跨いで停車しているので、エンド交換を行い入換運転を再開するまで谷津踏切は開かずの踏切となります。

エンド交換を行い、引上線から4番線までの進路が取られ入換信号機が開通すると車両は入換運転を再開します。

4番線に到着し留置されます。
5・6番線に留置する場合も同じ流れとなります。また4～6番線からホームに据え付ける時はこの逆の順序で入換運転を行います。

全ての番線から伊東線熱海方に線路が繋がってはいますが、入換信号機の無い熱海方に出て入換運転をする事は通常ありません。ただし機関車けん引列車の場合、機関車の機回しの為、駅社員の誘導により熱海方で入換を行う場合があります。

なお4番線は上下両方向に出発信号機を持っているので、回送列車が4番線から直接熱海方に進出する事はあります。

【ざっくり用語解説】
本線：駅構内においては、列車を駅の外に送り出すか、駅に迎え入れる事が出来る線路
側線：駅の外と直接出入り出来ない、駅構内の入換運転によって車両の入線だけ出来る線路
列車：駅と駅の間の本線を走る準備が整っている編成
車両：本線を走る準備が出来ていないか、駅構内の入換運転だけ行う編成
駅構内：一般に（第一）場内信号機から反対側の（第一）場内信号機までの範囲